分子蒸馏器的蒸馏过程应经过以下过程：

1、分子从液相主体向蒸发面扩散：一般来说，液相中的扩散速度是控制分子蒸馏速度的主要因素，因此应尽量减小液层的厚度，加强液层的流动。

2、液层表面分子自由蒸发：蒸发速率随温度升高而增大，但有时分离因子随温度升高而减小。因此，应在保证被加工材料热稳定性的前提下，选择经济合理的蒸馏温度。

3、分子从蒸发面飞到冷凝面：在蒸汽分子从蒸发面飞到冷凝面的过程中，它们可能相互碰撞或与两个表面之间残留的空气分子碰撞。由于蒸发分子比空气分子重得多，而且大多数都具有相同的运动方向，因此它们的碰撞对飞行方向和蒸发速度几乎没有影响。残余气体分子的数量是影响飞行方向和蒸发速度的主要因素。

4、分子在冷凝表面的冷凝：只要冷热表面有足够的温差，冷凝表面合理光滑，就认为冷凝步骤可以在瞬间完成，因此选择合理的冷凝器形式非常重要。分子蒸馏器的蒸馏条件：残余气体的分压必须很低，因此残余气体的平均自由程长度是蒸馏器表面与冷凝器之间距离的倍数。在饱和压力下，蒸汽分子的平均自由程长度必须与蒸发器和冷凝器表面之间的距离具有相同的数量级。